Il convento venne costruito nel XIII secolo sul luogo ove esisteva già un romitorio benedettino scelto da san Francesco per ritirarsi in preghiera.
La tradizione vuole che qui il Poverello d'Assisi, ispirato dai luoghi, compose la "Exhortatio ad laudem Dei", composizione che anticipa il più famoso "Cantico delle Creature".
Il complesso è composto dalla chiesa della Santissima Annunziata, la cappella di San Bernardino, il piccolo chiostro, la sala del noviziato, le celle dei frati ed uno splendido cedro del Libano che svetta in mezzo agli edifici.
Poco distante la suggestiva grotta, una fenditura della roccia dove Francesco si ritirava, in comunione con la Terra.